در توموگرافی کامپیوتری (سی تی) سر یا مغز از دستگاه‌های مخصوص اشعه ایکس استفاده می‌شود که به ارزیابی آسیب‌ دیدگی‌های سر، سردردهای شدید، سرگیجه و علائم دیگر آنوریسم مغزی، خونریزی، سکته مغزی و تومورهای مغزی کمک می‌کند. همچنین این روش به پزشکان در ارزیابی صورت، سینوس‌ها و جمجمه یا پرتودرمانی برای سرطان مغز در موارد اورژانسی نیز کمک می‌کند. با این روش آسیب‌دیدگی‌ها و خونریزی‌های داخلی به سرعت مشخص شده و به زنده ماندن بیمار کمک می‌کند

سینوس ها حفراتی هستند که درون استخوانهای صورت جای گرفته اند و هر یک از آنها توسط مجرایی به بینی راه پیدا می کند . بطور معمول در معاینه بالینی امکان اینکه بتوان مجاری سینوس ها را دید وجود  ندارد . لذا قبل از عمل ،  سی تی اسکن سینوس ها در نماهای مختلف تهیه می شود که ارزش تشخیصی بسیار زیادی دارد.  سی تی اسکن قابل اعتماد ترین روش تصویربرداری برای تعیین انسداد سینوسها ست. از جمله مهمترین کاربرد های سی تی اسکن سینوسها بررسی سینوزیت ، تومورهای این ناحیه که معروفترین آنها اسکواموس سل کارسینوما است، بررسی بزرگی آدنوئید در اطفال و عمل جراحی بینی  می باشد.

درسی تی اسکن ریه ها ، دستگاه سی تی اسکن به کمک تابش پرتو ایکس، نمایی سه بعدی از قفسه سینه را نشان می دهد.

سی تی اسکن شکم و لگن به پزشک کمک می‌کند تا اندامها، عروق خونی و استخوانها را در حفره شکم ببیند. در سی تی اسکن ناحیه شکم ولگن احشای داخل شکمی از قبیل کبد، طحال، پانکراس، معده و روده ها، مزانتر، ادرنال، کیسه صفرا، کلیه و حالبها و مثانه بررسی می شود.

CT enterography  نوعی روش  تصویربرداری است که از تصاویر CT و ماده حاجب برای مشاهده روده کوچک استفاده می کند. سی‌تی ‌انتروگرافی، نوعی روش تصویربرداری با قدرت تفکیک بالا از روده باریک است که با بهره‌ گیری از دستگاه‌های سی‌تی اسکن مولتی‌‌ دتکتور (MDCT) و همزمان مصرف مقادیری ماده حاجب خوراکی انجام می‌گردد.